تشير تقارير وتحليلات إلى تصاعد الخلافات بين الجيش السوداني والقوات المشتركة بشأن إعادة انتشار القوات وأولويات العمليات العسكرية، خاصة في جبهة كردفان. ووفقاً لمصادر مطلعة، تتحفظ القوات المشتركة على مقترحات بنقل قواتها إلى مدينة الأبيض، معتبرة أن ذلك قد يعرضها للاستنزاف في مواجهة قوات الدعم السريع.
كما شهدت الفترة الأخيرة حوادث أمنية بين عناصر من القوات المشتركة وأجهزة نظامية في عدة مناطق، الأمر الذي عزز المخاوف من تزايد التوتر داخل التحالف العسكري. ويرى محللون أن التحالف القائم تشكل بفعل ظروف الحرب أكثر من كونه شراكة استراتيجية مستقرة، في ظل تباين الرؤى حول إدارة المعارك ومستقبل الترتيبات الأمنية وتقاسم النفوذ السياسي.
ويحذر مراقبون من أن استمرار هذه الخلافات قد ينعكس على تماسك الجبهة العسكرية المناهضة لقوات الدعم السريع، خصوصاً مع اقتراب معارك حاسمة في كردفان، بينما تبقى قدرة الأطراف على احتواء التباينات عاملاً مؤثراً في مسار الحرب ومشهد ما بعد النزاع
